Para el desarrollo del PMUS de Antofagasta se ha establecido una estructura de conducción multisectorial y multinivel que permita su apropiado avance técnico, así como su validación política y social, cumpliendo tanto con los objetivos del proyecto como con los requerimientos propios de la administración pública que regulan el transporte y la movilidad en el país. Esta estructura de conducción define 3 niveles de acción:
En el nivel político-estratégico, los avances del proyecto son reportados y validados por la Intendencia de la Región de Antofagasta, la Ilustre Municipalidad de Antofagasta y la Secretaría de Planificación de Transporte (SECTRA). Esta mesa sesiona trimestralmente o de acuerdo con hitos o contingencia de relevancia para el proyecto.
En el nivel técnico-administrativo se ha generado una Mesa Técnica compuesta por DIPLAR (GORE), SECOPLAN (IMS), Dirección de Tránsito (IMS), CREO Antofagasta, SEREMITT Antofagasta (MTT), Sectra Norte (MTT), SEREMI Vivienda Antofagasta (MINVU), SEREMI Medioambiente Antofagasta (MMA), SEREMI Obras Públicas Antofagasta (MOP), SEREMI Energía Antofagasta (MINER) y GIZ. Esta mesa técnica sesiona mensualmente y es presidida por la División de Planificación y Desarrollo Regional del Gobierno Regional de Antofagasta.
Finalmente, en el nivel técnico-ejecutor se ha definido una mesa de integrantes variables, usualmente compuesta por el nivel técnico-administrativo más los distintos consultores a cargo del desarrollo de tareas específicas del PMUS. Esta mesa sesiona acorde a las necesidades del propio proyecto y puede empalmarse al funcionamiento del nivel técnico-administrativo.